يعتبر تنظيم القاعدة من أكثر التنظيمات الإسلامية إثارة للجدل ومخالفة لمبادئ ‏الشريعة… سواء من ناحية الفكر – أي الناحية النظرية – أو الناحية العملية.‏ بل أكاد أجزم أن القاعدة ابتدعت في الإسلام بدعا لم تحدث من قبل، مثل فتوى ‏القتل بالجنسية، أو القتل بالديانة، أو تبني مسئولية المواطن عن سياسة دولته، بل ‏ومحاسبته على سياسة لم يصنعها ولم يشارك فيها، والحجة الباطلة التي استندوا اليها ‏في ذلك هي أن هذا المواطن يدفع الضرائب للدولة. ‏ وتعد فتوى القتل بالجنسية هي أول فتوى تصدر بهذا الشكل في تاريخ الإسلام كله، ‏فقد قاتل الصحابة والتابعون الفرس والروم وأممًا كثيرة أخرى، ولم يقل أحد منهم ‏باستهداف المدنيين، أو بقتل كل رومي أو فارسي. ‏ ومن هذا كله نخلص إلى أن مشكلة القاعدة الأساسية: تكمن في فكرهم قبل أن تكمن ‏في تفجيراتهم، أو أين ستفجر؟ ومتى ستفجر؟ ‏ فإذا تم تفكيك هذا الفكر لدى الشباب الحديث، وبيان عواره؛ فقد قطعنا معظم الطريق ‏للحيلولة بين الشباب وبين قتل الآخرين بغير حق.‏كما أن الحل يكمن أيضا في تدريس فقه الجهاد الإسلامي بطريقة صحيحة سليمة، ‏تبين للناس أن الجهاد فرض من فروض الإسلام، ولكنه كأي فرض له أسباب ‏وشروط وموانع، ويخضع لقياس المصالح والمفاسد، كما يخضع كذلك لفقه النتائج ‏والمآلات.